现任主要领导
张世明──党委书记、局长、长江上游水环境监测中心主任、长江上游水文预报中心主任
肖 忠──党委委员、副局长、总工程师
项祖伟──党委副书记、纪委书记、工会主席
马耀昌──党委委员、副局长
曹 磊──党委委员、副局长
历任主要领导
张 志──主任（1955.6～1959.7）
田玉林──主任（1959.7～1965.9）
刘增民──主任（1965.9～……）
蔡兴楷──主任（1978.4～1983.12）
苏温洪──主任（1983.12～1986.2）
高焕锦──主任（1986.2～1988.5）
童显光──主任（1988.5～1993.5）
胡玉林──局长（1993.5～1997.9）
罗以生──局长(1997.9～2012.3)
官学文──局长(2012.3～2016.12)